La Asamblea General es el órgano supremo de gobierno de COPAES y está compuesta por un representante de cada uno de los asociados, todos con derechos a voz y voto. Para efecto de toma de decisiones, en las sesiones ordinarias y extraordinarias de la Asamblea General los asociados se agruparán en tres sectores: Gobierno Federal, asociaciones e instituciones educativas; y colegios de profesionales y academias.